蠕虫／黑客程序侵入系统时，一般要修改注册表，并将自身拷贝在硬盘中，或者用自身的程序替换操作系统中的一些核心文件。这样，每次系统启动，蠕虫／黑客程序也将被激活运行，伺机进行破坏。要清除这些有害程序，必须用DOS启动系统，这样可以保证蠕虫／黑客程序处于静态，然后使用杀毒软件进行清除，也可采用手工方法，删除系统的蠕虫／黑客程序，恢复被修改的注册表。但是，对于采用替换操作系统文件方式侵入系统的蠕虫／黑客程序，只有用同样的系统文件将蠕虫／黑客程序覆盖即可。